1960 yılında George F. Bass’ın Antalya-Finike-Gelidonya Batığı’na ait eserleri kaleye getirmesiyle birlikte kalede bir müze deposu oluşturulur. Haluk Elbe’nin atanmasıyla müze düzenlenir ve 6 Kasım 1964’te “Bodrum Müzesi” adıyla ziyarete açılır. Bodrum Müzesinde sergilenen eserlerin büyük bir kısmının sualtı buluntusu olması nedeniyle 25 Mart 1981 tarihinde “Bodrum Sualtı Arkeoloji Müzesi” adını alır. Bodrum Sualtı Arkeoloji Müzesi ülkemizin ilk ve tek, dünyanın ise sayılı sualtı arkeoloji müzeleri arasında yer almaktadır.

Çok iyi korunarak günümüze ulaşan kalenin inşasına Rhodos Adası’nda yaşayan St. Jean şövalyeleri tarafından 1406 yılında başlanmıştır. Kalenin mimarı olan Heinrich Schlegelholt dünyanın yedi harikasından biri olan Maussolleion’un yeşil blok taşlarını, heykellerini ve kabartmalarını kalenin duvarlarında kullanmış ve anılarında Maussolleion için “alaşağı ettik, kırdık, parçaladık” demiştir. Daha sonraki dönemlerde kale, askeri gelişmelere paralel olarak çeşitli mimari yenilikler ve onarımlar geçirmiştir.

Fatih,1480 yılında Rhodos ve Bodrum’a bir donanma gönderse de kale alınamamış ancak Rhodos’un fethinden sonra 5 Ocak 1523’te Türklerin eline geçmiştir.1671’de Bodrum’a gelen Evliya Çelebi Seyahatnamesi’nde kalede bir dizdar ve altmış nefer olduğundan söz etmiştir. Bir dönem hapishane olarak da kullanılan Bodrum Kalesi, I. Dünya Savaşı’nda bombardımana maruz kalmıştır. Kareye yakın bir plana sahip olan kale 33 dekarlık bir alanı kaplamaktadır. İç kaleye altı kapıdan geçilerek ulaşılır. Fransız, İngiliz, Alman, İtalyan ve Yılanlı kule olmak üzere toplamda 5 adet kuleye sahip olan Kalenin restorasyon çalışmaları halen devam etmekte olup 2020 yılı sonunda tamamlanması öngörülmektedir.